До XIX века в селе Ильино существовала деревянная церковь во имя пророка Илии, точная дата постройки которой неизвестна. Со временем деревянная церковь обветшала, и возникла необходимость в строительстве нового храма. 30 октября 1863 года Московская духовная консистория дала разрешение на строительство каменной церкви на месте старой деревянной.
Строительство кирпичной Покровской церкви велось в период с 1863 по 1868 годы. Основные средства на строительство были пожертвованы московским купцом второй гильдии Иваном Кирилловичем Королёвым, а также прихожанами. Для строительства использовались местные материалы: глину и подручные материалы добывали из ближайшего оврага, обжигали кирпич своими силами.
В 1868 году церковь была завершена и освящена. Она имела трёхъярусный иконостас, облицованный по кирпичной основе разнообразной смальтой, что придавало ему нарядный и красочный вид. Известно, что церковный староста не раз приносил смальту в вещевом мешке пешком из Москвы.
В 1911 году церковь была расширена в западную сторону, соединив её с колокольней. Было устроено водяное отопление, настелены полы из метлахской плитки. Здание характерно для культовой архитектуры второй половины XIX века, внешние формы заимствованы из различных направлений древнерусского зодчества.
В советское время храм продолжал действовать. Вся утварь и церковные принадлежности были сохранены. Всё это время храм содержался и поддерживался на пожертвования прихожан.
С 1999 года при церкви действует приходская библиотека, созданная на пожертвования прихожан.
