Строительство храма началось 21 августа 1994 года по проекту архитектора Андрея Радыгина. Основной храм был построен в псковско-новгородском стиле XVI века, что является редкостью для Западной Сибири. Иконы главного иконостаса были написаны мастерами Троице-Сергиевой лавры. Комплекс также включает колокольню, воскресную школу, крестильную церковь, мастерские и другие постройки.
В 1998 году монастырское подворье было официально утверждено, и настоятельница Пюхтицкого монастыря получила соответствующий указ из рук Патриарха. Подворье стало одним из немногих в России, находящихся под непосредственным управлением Пюхтицкого монастыря, наряду с подворьями в Москве и Санкт-Петербурге.
В 2013 году подворье было посещено Патриархом Московским и всея Руси Кириллом в рамках его визита в Ханты-Мансийскую епархию. В настоящее время подворье продолжает свою деятельность, являясь духовным центром для жителей Когалыма и окрестностей.