Согласно доступным данным, данная часовня была возведена приблизительно в 1900 году и функционирует по настоящее время.
Поселок Малые Клыки, как и соседний поселок Большие Клыки, имеет богатую историю, уходящую корнями в XVII век. В конце XIX века в селе Большие Клыки на пожертвования верующих была построена часовня, которую также посещали жители Малых Клыков. В начале 1930-х годов богослужения в этой часовне прекратились.
Архитектурно часовня-столб в Малых Клыках представляет собой типичное для того времени сооружение, характеризующееся лаконичностью форм и небольшими размерами. Подобные часовни-столбы часто возводились на рубеже XIX–XX веков и служили местами для молитвы местных жителей.