Университет располагался по адресу Литейный проспект, 42, в здании, известном как Литейный дом княгини Юсуповой.
Здание на Литейном проспекте, 42, было возведено в 1852–1858 годах по заказу княгини Зинаиды Ивановны Юсуповой. Архитекторы Гаральд Боссе и Людвиг Бонштедт спроектировали его в стиле эклектики с элементами итальянского Возрождения и барокко. Фасад облицован песчаником, украшен колоннами и пилястрами, а парадный вход выделен порталом с кариатидами. Интерьеры богато декорированы, с плафонами и медальонами работы художника Н. А. Майкова.
После революции 1917 года здание перешло в собственность государства. В 1950 году оно было передано обществу «Знание», которое использовало его для проведения лекций и просветительской деятельности.
НПУ был создан с целью предоставления всестороннего христианского образования всем желающим, независимо от возраста и уровня светского образования. Программа обучения включала дисциплины: библейская история, догматическое и сравнительное богословие, история Русской Православной Церкви, литургика, патрология, сектоведение, христианская культурология и психология. Занятия проводились трижды в неделю в помещении центрального лектория общества «Знание» на Литейном проспекте, 42.
В январе 2023 года здание на Литейном проспекте, 42, было передано в оперативное управление Государственному музею-памятнику «Исаакиевский собор». Общество «Знание» было вынуждено покинуть помещение, что повлияло на деятельность НПУ.
