Монастырь преподобной Марии Египетской в Нью-Йорке был основан в 1993 году как община при Доме милосердия в нижнем Ист-Сайде на Манхэттене. Первоначальной целью создания общины была социальная помощь бедным и бездомным в районе. Здание, приобретенное для этих целей, находилось в аварийном состоянии: отсутствовала электропроводка и отопление, большинство окон было выбито, а крыша проваливалась. Восстановление проводилось силами волонтеров.
В 1995 году на втором этаже здания была оборудована небольшая часовня, где совершался полный круг богослужений. Годом позже вокруг монашеской общины сформировался англоязычный приход. Из-за ограниченной вместимости часовни воскресные литургии проводились в главном Николаевском соборе Патриарших приходов в США.
В 2008 году община приобрела участок земли площадью 153 акра в селении Тредвел (штат Нью-Йорк), где была основана Спасская пустынь. Один из двух амбаров на участке, построенный в конце XVIII века, был переоборудован в храм Спаса Нерукотворного. Большинство братии перебралось в Тредвелл, а нью-йоркская обитель стала именоваться скитом Спасской пустыни.
Монастырь входит в состав Патриарших приходов в США Московского патриархата. В разные годы численность насельников варьировалась: в 2011 году в пустыни постоянно проживали 12 монахов и 3 монахини, к 2016 году количество насельников сократилось до 6 человек. На момент последних доступных данных нью-йоркская братия состоит из шестерых монахов и троих послушников.
Монастырь поддерживал приход Казанской иконы Божией Матери в Спокане (штат Вашингтон). Богослужения в обители совершаются на английском языке, что отражает ее миссионерскую направленность среди местного населения.