История храма охватывает несколько веков и включает периоды строительства, разрушения и восстановления.
Первые упоминания о церкви на этом месте датируются серединой XVI века, о чём свидетельствуют надгробия 1550-х годов, обнаруженные на церковном кладбище. В описях 1617 года упоминается деревянная церковь во имя святого Архангела Михаила, расположенная на Юшковском погосте. К 1620 году к приходу церкви относились деревни Клеменова, Ивантина и Игнатьева (ныне Клеймёново, Ивантиново и Игнатьево).
В 1691 году на месте деревянной церкви был возведён каменный храм, освящённый 13 декабря того же года архимандритом серпуховского Высоцкого монастыря Иосифом. Старая деревянная церковь была перенесена в село Шатово. Одновременно с каменным храмом была построена шатровая колокольня.
Архитектурно храм представляет собой бесстолпный четверик со сводчатым покрытием, характерный для рубежа XVII–XVIII веков. Стройный силуэт храма гармонично сочетается с шатровой колокольней, сохранившей изящество форм и кованый крест, венчающий её главку.
К середине XIX века при церкви имелся тёплый придел во имя святителя Николая. В период 1861–1864 годов, благодаря усилиям местных прихожан, включая помещика князя Николая Сергеевича Вяземского и крестьян из близлежащих деревень, были сооружены два новых придела: правый — во имя святителя Николая и левый — во имя святой великомученицы Екатерины.
В 1884 году в селе было построено двухэтажное каменное здание церковно-приходской школы. В 1896 году, по инициативе настоятеля священника Евгения Соколова, школа была преобразована в церковно-учительскую школу Московской епархии, с 1899 года ставшую женской. Попечителями школы были баронесса София Михайловна Энгельгардт и Иван Андреевич Хутарев. Семья купцов Хутаревых, владельцев суконной фабрики в сельце Городенки, оказывала значительную помощь как школе, так и самому храму.
В 1937 году храм был закрыт и подвергся разорению. Здание церковно-приходской школы использовалось как общеобразовательная школа до её закрытия в 1984 году. После этого село Нехорошево постепенно опустело и в 1988 году было официально упразднено.
