Марфо-Мариинский женский монастырь во Владивостоке был учрежден решением Священного Синода Русской Православной Церкви 16 июля 1995 года. Обитель разместилась на территории бывшего архиерейского подворья, построенного в 1900–1901 годах по проекту военного архитектора И. В. Мешкова для первого Владивостокского архиепископа Евсевия (Никольского). 15 апреля 1901 года на подворье освятили домовую церковь во имя священномученика Евсевия, епископа Самосатского.
В 1905 году при подворье открылась церковно-приходская школа, а в 1914 году — церковно-учительская семинария для подготовки педагогов начальных и церковных школ Приморской области. 30 августа 1910 года близ архиерейского дома над склепом владивостокского купца и консула в Китае А. С. Ваховича заложили каменный храм-часовню, освященную 9 февраля 1911 года во имя святого благоверного князя Александра Невского.
После 1918 года подворье подверглось секуляризации. В его зданиях последовательно размещались дом отдыха, клуб, кинотеатр «Ракета» и киноремонтные мастерские. В 1930–1931 годах была разрушена шатровая крыша и часть алтарной стены Александро-Невского храма, в алтаре которого устроили котельную. Часовня Иоанна Предтечи на кладбище использовалась как овощехранилище.
В 1989 году Александро-Невский храм возвращен Русской Православной Церкви. В 1995 году епархии передали основные помещения бывшего подворья с церковью священномученика Евсевия, где образовалась женская обитель. Монастырь устроен по образцу Марфо-Мариинской обители милосердия в Москве, основанной великой княгиней Елизаветой Фёдоровной.
Архитектурный комплекс включает храм священномученика Евсевия Самосатского, храм-часовню Александра Невского и часовню Иоанна Предтечи. На территории сохранились двухэтажный келейный корпус, хозяйственные постройки и участок бывшего кладбища. Колокольня над храмом Евсевия восстановлена в 2003 году, купол Александро-Невской часовни — в 2013 году.