Первая деревянная церковь на месте современного храма в селе Ира была освящена в 1883 году в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Через семь лет здание сгорело, оставив местных жителей без храма. В начале XX века инициатива по строительству нового каменного храма принадлежала Анне Ефимовне Су-Соколовой, супруге московского фабриканта Павла Николаевича Су-Соколова. Проект разработан инженером-архитектором Михаилом Емельяновичем Приемышевым в 1913 году.
Строительство велось с 1914 по 1916 год мастерами из Владимирской губернии. Храм возведен из кирпича с добавлением яичных белков в раствор для прочности. Средства на строительство составили 25 тысяч золотых рублей, завещанных сестрой Анны Ефимовны, а также 10 тысяч рублей, собранных местными жителями. Храм освящен в 1916 году с двумя приделами: главным в честь Покрова Пресвятой Богородицы и малым в честь мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии.
В феврале 1916 года при храме учрежден приход с причтом из священника и псаломщика. Богослужения прекращены после революции 1917 года. В 1927 году храм закрыт, церковное имущество уничтожено. Здание использовалось как склад для зерна, что привело к повреждениям конструкций, обрушению полов и утрате декоративных элементов.
Восстановление начато в 1994 году. Малый придел освящен первым, работы в главном приделе завершены к 2001 году. 19 августа 2001 года архиепископ Уфимский и Стерлитамакский Никон совершил освящение храма, переименовав главный придел в Свято-Софийский. При храме организована Марфо-Мариинская обитель милосердия, занимавшаяся социальным служением.
Архитектура храма сочетает элементы русского стиля с чертами средневековой европейской архитектуры. Высокая колокольня доминирует в композиции. В период с 2002 по 2004 год на территории обители построены жилые корпуса, трапезная, крестильная и воскресная школа. В 2002 году усилиями обители открыта домовая церковь в исправительном учреждении города Мелеуз.