История монастыря начинается в 1837 году с основания женской богадельни при церкви святых мучеников Флора и Лавра в селе Старый Ям Подольского уезда. Богадельня содержалась за счёт пожертвований и труда её обитательниц. В 1855 году к богадельне присоединился Иван Степанович, известный своей преданностью и подвижнической жизнью. Его усилия, совместно с поддержкой местных благотворителей, способствовали преобразованию богадельни в Флоро-Лаврскую женскую общину в 1865 году.
В 1870 году община была переведена в имение Александры Петровны Головиной в сельцо Лукино, что способствовало её развитию и расширению. 28 июня 1887 года община была официально преобразована в монастырь с игуменией, казначеей, 28 монахинями и соответствующим числом послушниц. В монастыре было три храма: в честь Воздвижения Креста Господня (1848), в честь Иерусалимской иконы Божией Матери (1873) и Вознесенский собор с приделами в честь Успения Божией Матери и святителя Филиппа, митрополита Московского (освящён в 1896 году).
После революции 1917 года монастырь был закрыт в начале 1920-х годов, и его имущество было изъято. В здании монастыря разместились различные учреждения, включая детский дом, а затем санаторий «Горки Ленинские».
В марте 1992 года монастырь был возвращён Русской Православной Церкви для возрождения монашеского служения и благотворительности. В 2001 году настоятельницей монастыря была назначена монахиня Екатерина (Чайникова). 25 октября 2001 года состоялось великое освящение храма в честь Иерусалимской иконы Божией Матери, и главная святыня монастыря заняла своё достойное место.
В настоящее время монастырь активно развивается: проводятся регулярные богослужения, действуют регентско-певческие курсы, воскресная школа и социальные проекты, направленные на помощь нуждающимся. Монастырь также управляет подворьем в Москве — церковью Иерусалимской иконы Божией Матери за Покровской заставой.
