Крестильный храм святителя Филарета Московского в Кемерово был основан в 1994 году как часть прихода иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость». 30 сентября 1994 года состоялось освящение места под строительство, а 15 октября начались работы по возведению деревянного храма. Строительство завершилось к Вербному воскресенью 16 апреля 1995 года. Храм изначально задумывался как крестильный в составе храмового комплекса, который также должен был включать каменную церковь в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» и церковно-причтовые здания.
Архитектурно храм представляет собой деревянную одноглавую клетскую церковь с колокольней, построенную на кирпичном полуподвале. Внутренние и внешние росписи выполнены архитектором А. С. Работновым. Храм отличается простотой форм, характерной для традиционного русского деревянного зодчества. В 2012 году была завершена разработка проекта двухуровневого кирпичного храма высотой около 40 метров, рассчитанного на 800 прихожан. Новый проект предусматривает размещение крупной крестильной купели для полного погружения взрослых.
Приход храма святителя Филарета Московского был образован в период возрождения церковной жизни в России после длительного периода гонений. В 1990-е годы в Кемеровской области активно восстанавливались и строились новые храмы, что было связано с изменением государственной политики в отношении религиозных организаций. Храм свт. Филарета стал частью этого процесса, будучи одним из первых деревянных храмов, построенных в Кемерово в постсоветский период.
В 2012 году Кемеровская епархия была разделена на Кемеровскую и Прокопьевскую епархии, вошедшие в состав новообразованной Кузбасской митрополии. Храм свт. Филарета Московского остался в составе Кемеровской епархии, кафедральным собором которой является Знаменский собор. За время своего существования храм не претерпел значительных архитектурных изменений, сохранив первоначальный облик, характерный для деревянных церквей Сибири конца XX века.