Кемский мужской монастырь во имя Новомучеников и Исповедников Российских учрежден решением Священного Синода Русской Православной Церкви в 2000 году. Монастырь расположен на территории бывшего Благовещенского собора, построенного в 1903 году на средства кемского купца Федора Михайловича Антонова. Собор возведен в рамках Кемского подворья Соловецкого монастыря, земля для которого была пожалована обители новгородской посадницей Марфой Борецкой в середине XV века.
Благовещенский собор представлял собой каменное сооружение с тремя приделами: в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, во имя святых апостолов Петра и Павла и во имя Феодора Стратилата. В 1923 году в Кеми был организован пересыльно-распределительный лагерь, однако богослужения в соборе продолжались до начала 1935 года. В апреле 1933 года начался процесс закрытия храма, а в декабре 1935 года ВЦИК утвердил постановление о его изъятии у верующих.
После закрытия собор использовался как складское помещение. В 1930-х годах рядом с храмом были построены два каменных здания: трехэтажное здание управления Соловецких лагерей особого назначения и гостиница НКВД «Прибой». В 1991 году Благовещенский собор был возвращен Русской Православной Церкви. В полуподвальном помещении невосстановленного собора был освящен храм во имя святителя Николая Чудотворца.
В 2009 году в монастыре был освящен престол во имя Новомучеников и Исповедников Российских. Здание бывшей гостиницы «Прибой» было переоборудовано в келейный корпус с гостиницей для паломников. При монастыре действует воскресная школа.