В начале XXI века в Мытищах ощущалась потребность в новом храме для удовлетворения духовных нужд растущего населения города. В 2002 году, по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, на месте разрушенной в годы советской власти Иоанно-Предтеченской часовни и прилегающего к ней источника был установлен и освящен поклонный крест. Этот шаг стал первым этапом на пути к возрождению православной святыни в этом районе.
В 2003 году началось строительство нового храма в честь святого праведного Иоанна Кронштадтского. Инициатором строительства выступила местная православная община, поддержанная городскими властями и жителями Мытищ. Архитектурный проект храма был разработан с учетом традиций русской православной архитектуры, что позволило гармонично вписать новое сооружение в существующую городскую среду.
Строительство храма велось на пожертвования прихожан и благотворителей. В процессе строительства особое внимание уделялось качеству используемых материалов и соблюдению канонов православного храмового зодчества. В 2005 году основные строительные работы были завершены, и храм принял первых прихожан.
Архитектурно Иоанно-Кронштадтский храм представляет собой одноэтажное кирпичное здание с центральным куполом и колокольней. Фасады храма украшены декоративными элементами в духе русской архитектуры XVII века. Внутреннее убранство храма выполнено в соответствии с православными традициями: стены расписаны фресками на евангельские сюжеты, установлен резной иконостас, изготовленный мастерами по древним образцам.
С момента открытия в храме регулярно проводятся богослужения, праздники и обряды. При храме действует воскресная школа для детей и взрослых, организуются благотворительные акции и культурные мероприятия. Храм стал центром духовной жизни для многих жителей Мытищ и окрестностей.
В 2010 году при храме была открыта библиотека духовной литературы, доступная для всех желающих. Также организуются паломнические поездки по святым местам России, что способствует укреплению духовных связей и расширению кругозора прихожан.
В 2015 году, в честь десятилетия со дня основания храма, была проведена масштабная реставрация, включавшая обновление фасадов, внутреннего убранства и благоустройство прилегающей территории. Были установлены новые колокола, отлитые на одном из старейших колокололитейных заводов России.
В настоящее время Иоанно-Кронштадтский храм продолжает активно развиваться, оставаясь важным духовным и культурным центром города Мытищи. Его деятельность направлена на укрепление православных традиций, воспитание подрастающего поколения в духе христианских ценностей и поддержку социально значимых инициатив.