Он был основан в 1462–1463 годах святителем Ионой, епископом Пермским, на правом берегу реки Колвы.Первоначально монастырь включал деревянную церковь, посвящённую апостолу и евангелисту Иоанну Богослову.
С момента основания монастырь пользовался покровительством Великопермских князей, которые жертвовали ему земельные угодья. В 1580 году царь Иван IV Грозный даровал монастырю жалованную грамоту, предоставлявшую широкую автономию в хозяйственных и духовных делах. Эти привилегии были подтверждены последующими царями в 1586, 1600, 1608, 1615 и 1624 годах.
В 1718 году в монастыре была построена новая каменная двухпрестольная церковь. Церковь представляет собой двухэтажное здание с основным храмом на первом этаже, посвящённым Иоанну Богослову, и верхним храмом, освящённым в честь Вознесения Господня. Архитектурно здание включает трапезную, притвор и двухъярусную звонницу.
В 1764 году, в ходе церковной реформы Екатерины II, монастырь был оставлен на собственном содержании, что привело к его упадку. В 1784 году монастырь был закрыт, монахи переведены в другие обители, а его вотчины переданы Троице-Сергиевой лавре.
В 1910 году по ходатайству епископа Пермского Палладия монастырь был восстановлен как женский. В 1911 году игумения Руфина с семью сёстрами прибыла в Чердынь для возрождения обители. Во время Первой мировой войны монастырь организовал приют для сирот погибших воинов, в котором к 1917 году находилось 75 детей. Однако в 1919 году, после ухода белых войск, игумения Руфина с несколькими сёстрами покинула монастырь и впоследствии основала обитель в Харбине, Маньчжурия.
