Первоначально в селе Шипуново существовала деревянная церковь, построенная в 1899 году. Она была приписана к Вознесенской церкви в селе Болтово. К 1900 году в Шипуново был открыт самостоятельный приход. Церковь представляла собой деревянное здание с шатровым куполом и шатровой колокольней.
В 1936 году храм был закрыт, а в 1945 году возвращён верующим. В 1964 году церковь сгорела. В начале 2010-х годов в небольшом деревянном доме был устроен молитвенный дом. Он представляет собой скромное деревянное здание с металлической кровлей и крестом на крыше.