С открытием православного прихода деревня Ценибекова получила статус села и стала называться Вознесенским.В этот период село также именовалось Шапкили, что связано с переносом креста для строительства церкви из соседней деревни Шапкили-Кадышево.
В начале XIX века в Пертнурах служил протоиерей Андрей Данилович Альбинский, известный миссионер и просветитель, переводчик Священного Писания на марийский язык. В 1812 году он открыл первую школу для горных мари, обучая детей чтению и письму в собственном доме.
В 1828 году на средства прихожан была построена новая каменная церковь. Главный престол храма освятили в честь Вознесения Господня, а придел — во имя Богоявления Господня. Архитектурно храм представлял собой сооружение в стиле позднего классицизма, характерного для того времени.
Во второй половине XIX века дело христианского просвещения, начатое Альбинским, продолжилось. В 1861 году в селе открылась церковно-приходская школа, позднее преобразованная в двухклассное училище Министерства народного просвещения. В 1867 году была основана школа братства святителя Гурия, переведенная в 1876 году в село Емешево. В 1876 году открылось двухклассное земское училище. В этих учебных заведениях трудились видные просветители марийского народа, такие как Гавриил Яковлевич Яковлев и Иван Яковлевич Моляров.
В послереволюционный период духовенство, окормлявшее приход, подверглось репрессиям. 27 июля 1939 года церковь в Пертнурах была закрыта. Во время Великой Отечественной войны здание использовалось как зернохранилище, а после войны — как склад удобрений. В 1963 году храм был снесен.
В 2003 году к сохранившейся церковной сторожке был пристроен алтарь, и в этом помещении начались богослужения. Однако храм не имел собственного клира и обслуживался священниками из других приходов.
В 2010 году настоятелем храма был назначен священник Евгений Шатров. С его приходом началось возрождение приходской жизни: здание бывшей сторожки облицевали красным кирпичом, провели газовое отопление, установили стеклопакеты. Регулярно стали совершаться богослужения на церковно-славянском и горномарийском языках. 17 сентября 2013 года на купола храма были возведены кресты.
