Макарьевская пустынь, основанная в середине XVII века, связана с именем преподобного Макария Желтоводского. Согласно церковному преданию, в 1439 году, после разорения Желтоводского монастыря войсками хана Улу-Мухаммеда, преподобный Макарий был взят в плен, но освобожден по приказу хана. На обратном пути он остановился у устья реки Свияги, где позже завещал основать монастырь. Это завещание исполнил схимонах Исаия, пришедший из Унженской обители в первой половине XVII века.
Первая деревянная церковь во имя Вознесения Господня была построена в середине XVII века. В 1691 году ее заменили каменным храмом, освященным в честь Вознесения Господня. В трапезной части храма был устроен придел во имя преподобного Макария Желтоводского. В 1739 году упоминается также церковь во имя святых Иоакима и Анны, расположенная на вратах монастыря.
В 1764 году Макарьевская пустынь была приписана к Свияжскому Успенскому монастырю и фактически закрыта. В 1798 году указом императора Павла I обитель была восстановлена. В 1835–1839 годах Вознесенский храм был реконструирован в стиле классицизма на средства благотворителей. В этот период были построены колокольня и трапезная часть.
В 1866 году к северо-востоку от главного храма была возведена церковь в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радость». В XIX веке монастырь приобрел каменные братские корпуса и ограду. В советский период, после 1918 года, пустынь была разграблена, а к 1930-м годам покинута последними насельниками. В 1997 году монастырский комплекс передан Казанской епархии.
Среди сохранившихся святынь — икона преподобного Макария Желтоводского с частицей мощей и источник, освященный в его память. Архитектурный ансамбль включает Вознесенский храм, колокольню, братские корпуса и часовню над источником.