Основание и ранняя история
Николоямская улица, на которой расположен храм, является частью древней дороги на Владимир (современная Солянка — Яузская улица — Шоссе Энтузиастов). Своё название улица получила от расположенной на ней Никольской церкви в Рогожской Ямской слободе. 26 ноября 1606 года на этой улице произошло сражение между войсками царя Василия Шуйского и восставшими крестьянами Ивана Болотникова. В конце XVII века на месте нынешней библиотеки иностранной литературы стоял Яузский дворец Петра I.
Деревянная церковь преподобного Симеона Столпника была построена в 1600 году, вероятно, в ознаменование венчания Бориса Годунова на царство. В 1657 году церковь уже упоминается как каменная. В 1731 году прихожане на свои средства начали её перестройку, освятив Никольский придел в ноябре того же года, а главный престол в честь преподобного Симеона Столпника — в октябре 1733 года.
Архитектурные преобразования
В 1763–1768 годах, на средства суконного фабриканта А. И. Маленькова и по проекту архитектора И. М. Назарова, была построена новая трапезная с приделами Святителя Николая и Димитрия Ростовского. В 1785 году была возведена церковная ограда с воротами, сохранившаяся до настоящего времени, а в 1789 году — новая колокольня.
Строительство нового храма
В 1792 году, на средства С. П. Васильева и И. Р. Баташёва, началось строительство нового храма с существенными изменениями по сравнению с предыдущей постройкой. Иван Родионович Баташёв был владельцем горно-металлургических заводов в Нижегородской, Тамбовской и Владимирской губерниях. Одновременно со строительством церкви он вёл строительство своей новой городской усадьбы, известной как Петровский дворец. Возможно, автором проекта храма был архитектор Родион Казаков.
Строительство храма было осложнено: в 1798 году, в уже почти завершённом здании, обрушился купол, повредив стены. К 1812 году строительство было закончено, но из-за французской оккупации и большого московского пожара освящение храма состоялось только в 1813 году. В 1847 году, по проекту архитектора Н. И. Чичагова, был изготовлен новый иконостас. К 1851 году он также создал иконостасы для приделов.
Позднейшие изменения
В 1851 году была перестроена трапезная. В 1863 году приход приобрёл новый большой колокол весом 418 пудов (6847 кг), для размещения которого была построена новая трёхъярусная колокольня по проекту архитектора Козловского. В 1898 году перестройку церкви осуществил архитектор Н. В. Розов.
Советский период
В конце 1920-х годов возникла угроза закрытия храма. Его настоятель, протоиерей Николай Беневоленский, перенёс чудотворный образ святого Симеона Столпника и икону святителя Димитрия Ростовского с частицей мощей в соседнюю Покровскую церковь. После закрытия Симеоновской церкви в 1929 году здание было переоборудовано под учреждения: два верхних яруса колокольни были разобраны, а главный объём храма разделён на семь этажей. Сначала здесь размещался Московский институт повышения квалификации инженерно-технических работников Мосгорисполкома, а с 1965 года — Городской учебный комбинат управления кадров и учебных заведений Мосгорисполкома.
Возобновление богослужений
В 1995 году в храме были возобновлены богослужения. В торжественной обстановке в храм были возвращены особо чтимые иконы преподобного Симеона Столпника и святителя Димитрия. При храме были открыты воскресная детская школа и школа церковного пения для взрослых. Также действуют издательство, иконописная и реставрационная мастерские.
Современное состояние