Первоначально на месте нынешнего храма существовала часовня, построенная в дореволюционный период. Эта часовня находилась недалеко от Воскресенского Ракульевского храма, который был разрушен в 1960-е годы. В 1995 году, в условиях возрождения религиозной жизни в России, в здании бывшей часовни была открыта церковь Воскресения Христова. Однако со временем стало очевидно, что небольшое помещение не вмещает всех прихожан, особенно в дни крупных религиозных праздников.
В связи с этим в 2016 году было принято решение о строительстве нового храма в селе Молочное. Изначально планировалось возвести церковь в зеленой зоне поселка, в районе деревни Агафоново. Однако по предложению местных жителей под строительство был выделен пустырь недалеко от поселковой администрации. Вологодская митрополия и администрация города поддержали инициативу жителей, и 16 июня 2016 года состоялась церемония закладки нового храма.
Новый храм был посвящен Архангелу Михаилу. 11 октября 2020 года на строящийся храм был поднят золотой купол, что стало важной вехой в строительстве. В настоящее время храм Михаила Архангела продолжает строиться, и после завершения строительства он станет основным местом богослужений для жителей села Молочное.
