В 1640 году, одновременно со строительством крепости Хотмыжск, была возведена первая деревянная церковь Воскресения Христова. Строительство крепости велось под руководством воеводы Василия Ивановича Толстого, который в донесении в Москву от 28 июня 1640 года сообщил о завершении основных работ, включая возведение соборной церкви Воскресения Христова. В 1642 году в церковь были отправлены различные церковные принадлежности и книги.
В 1839 году на месте старой деревянной церкви была освящена новая каменная трёхпрестольная церковь Воскресения Христова, построенная по проекту архитектора А.М. Мельникова. В храме хранился вызолоченный серебряный крест, подаренный царём Алексеем Михайловичем в 1649 году в честь отражения набега неприятеля под Хотмыжском. Однако в советские годы крест был утрачен.
В советский период храм был заброшен, а в 1950-е годы его колокольня была разрушена, что привело к значительному ухудшению состояния здания. В 1996 году было принято решение о реставрации храма, и за год он был полностью восстановлен. В том же году храм и колокола Единения были освящены Патриархом Московским и всея Руси Алексием II. В честь этого события было решено проводить фестиваль славянской культуры «Хотмыжская осень», который с 1997 года проводится регулярно раз в два года.