Храм во имя святителя Николая Чудотворца в Мерано был основан в 1897 году для русских, прибывавших на лечение в Южный Тироль, входивший тогда в состав Австро-Венгерской империи. Инициатива создания храма исходила от Благотворительного общества русских жителей Мерано («Русского комитета»), учрежденного в 1875 году. Общество существовало на пожертвования его членов и ставило целью помощь больным и нуждающимся соотечественникам, приезжавшим на курорт.
Первые богослужения для русских курортников начали совершаться в 1884 году в наемном помещении на вилле Стефани. Освящение временной церкви состоялось 9 (21) декабря 1884 года. Почётной попечительницей храма стала Великая княгиня Екатерина Михайловна. Настоятелем был назначен протоиерей Феофил Кардасевич, служивший в храме святой Александры в Ирёме.
Строительство постоянного храма началось в 1895 году как часть комплекса Русского Дома имени Бородиной, возведенного на средства, завещанные Надеждой Бородиной. Храм разместили в верхнем этаже двухэтажного флигеля, увенчав куполом русской формы с православным крестом. Торжественное освящение состоялось 3 (15) декабря 1897 года, накануне престольного праздника. В 1898 году Святейший Синод утвердил штат причта из священника и псаломщика.
После начала Первой мировой войны в 1914 году русская община в Мерано прекратила существование. В 1918 году Южный Тироль отошел к Италии, и храм перешел под юрисдикцию Западноевропейского экзархата Константинопольского Патриархата. В 1920-1970-е годы приход окормляли священники из Флоренции, Милана и Ниццы.
В 1973 году здание Русского Дома перешло в частные руки, а в 1985 году было продано на аукционе муниципалитету Мерано. Богослужения возобновились в 1991 году, сначала эпизодически, а с 1997 года - 2-3 раза в год. В 2002 году была зарегистрирована община Московского Патриархата. С 2005 года богослужения стали совершаться регулярнее - дважды в месяц. В 2017 году храм был передан Русской Православной Церкви в безвозмездное пользование.