Официальная регистрация православного прихода во имя святых мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии состоялась 26 января 1997 года. В мае того же года был освящён закладной камень на месте будущего храма. В 1999 году на территории комплекса была построена и освящена часовня во имя Живоначальной Троицы.
Строительство храма началось 20 сентября 2004 года. Проект храма разработали архитекторы А. Лихачёв и Л. Колесников. Здание выполнено в традиционном русском стиле, сочетающем элементы деревянного зодчества и каменных царских палат. Крыша храма ступенчатая, обращённая по всем сторонам света, с куполами на каждой стороне и центральным восьмигранным барабаном. Внутреннее убранство включает трёхъярусный иконостас в стиле барокко и храмовую икону святых мучениц.
15 мая 2009 года в строящемся храме произошёл пожар, в результате которого деревянная кровля была почти полностью уничтожена. Кресты уцелели, а здание было сильно повреждено. Менее чем за год храм был восстановлен, и 2 мая 2010 года состоялось его великое освящение.
В июле 2010 года при храме был открыт Духовно-просветительский центр, задачами которого являются информационно-образовательная и духовно-просветительская деятельность. 13 сентября 2011 года на базе центра был открыт Виртуальный филиал Русского музея.
В состав храмового комплекса также входят храм во имя святого великомученика и Победоносца Георгия, часовня во имя Святой Троицы, колокольня, часовня над водным источником во имя преподобного Серафима Саровского и паломнический центр.
