Первое документальное упоминание о храме в селе Шуклино относится к периоду 1650-1670-х годов. Церковь располагалась на кургане, где в настоящее время находится кладбище. В 1794 году на средства прихожан под руководством священника Тимофея Никитовича Попова на месте обветшавшего храма была возведена новая деревянная церковь с колокольней. Храм имел один престол и обслуживал приход, включавший четыре деревни с хуторами, где проживало 670 прихожан.
В 1903 году на средства жителей села была построена новая деревянная однопрестольная церковь во имя святителя Василия Великого. При храме действовали три земские школы, церковно-приходская школа и духовная библиотека. В этот период в селе насчитывалось 414 дворов, где проживали 1467 мужчин и 1406 женщин. Земли вокруг села преимущественно принадлежали частным владельцам, включая князей Мещерских, генерала А.А. Вельяминова и других представителей дворянства.
В 1930-х годах, после закрытия приходской церкви в соседнем селе Никольское, многие верующие стали посещать Васильевский храм в Шуклино. В советский период предпринимались попытки закрыть храм, но здание оставалось действующим, за исключением краткого периода перед Великой Отечественной войной, когда оно использовалось как зернохранилище. Богослужения были возобновлены в военные годы.
14 января 1996 года, после праздничной службы в престольный праздник, храм полностью сгорел. По свидетельствам очевидцев, здание сгорало быстро, оставив лишь пепелище. В 1999 году на месте сгоревшей церкви был построен новый каменный храм с миниатюрной главкой, признанный впоследствии объектом культурного наследия местного значения.