Храм Василия Блаженного в Волгодонске был заложен в 1994 году на территории Нового города. Земельный участок под строительство был выделен по распоряжению городских владей. Основные строительные работы завершились к 1998 году, когда на храм были установлены позолоченные купола, изготовленные ИЦ «Грант». 25 декабря 1998 года состоялось освящение храма, которое совершилось по благословению архиерея Ростовской епархии.
В архитектурном отношении храм выполнен в традиционной крестообразной форме. Трехъярусный иконостас был расписан монахами Задонского Богородице-Рождественского монастыря. В сентябре 2000 года храм пополнился иконами, переданными из Новочеркасского Свято-Михайловского собора. В апреле 2002 года на колокольне были установлены колокола, а в августе того же года завершилось обустройство подворья.
Среди святынь храма особое место занимает Распятие Христа Спасителя работы иконописца Ивана Ивановича Волкова (1880-1962), выпускника Киевской художественной академии. Это распятие было передано из Ростовского кафедрального собора Рождества Пресвятой Богородицы. В разные годы храм посещали великие святыни, включая Почаевскую икону Божией Матери, привезенную в честь 175-летия Ростовской епархии.
В 2003 году храм подвергся обновлению и росписи. Работы проводились к 100-летию прославления преподобного Серафима Саровского. Финансирование осуществлялось за счет пожертвований прихожан и местных предприятий, включая Ростовскую атомную электростанцию.
