Храм в честь Святого Богоявления на Соборной площади Арзамаса является частью комплекса Свято-Николаевского женского монастыря. Первое упоминание о деревянной Богоявленской церкви на этом месте относится к 1580-м годам, когда она была построена священником Феофилактом Яковлевым с приделом святого Георгия Победоносца. Этот храм сгорел в 1650 году. Вторая деревянная церковь, возведённая его супругой и сыновьями, также была уничтожена пожаром в 1726 году. Третий деревянный храм, построенный в 1740 году, разобрали в 1770 году.
Четвёртый храм, уже каменный и трёхпрестольный, был сооружён в 1776 году. Ныне существующее здание построено в 1811–1813 годах при игуменье Евсевии в стиле классицизма. Оно представляет собой прямоугольную в плане трёхнефную постройку с небольшим куполом над трансептом. Верхний храм освящён в честь Богоявления Господня, правый придел — во имя Боголюбской иконы Божией Матери, левый — Всех Святых. На первом этаже располагалась больничная церковь в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость».
В 1918 году монастырь был занят частями Красной армии, а в 1928 году закрыт. Богоявленский храм использовался под нужды Госбанка и магазин. В 1994 году монастырь возвращён Русской Православной Церкви. В том же году на Богоявленской церкви восстановлен купол, а верхний придел вновь освящён. В 2023 году в храме освящён придел в честь Боголюбской иконы Божией Матери.
Архитектурно здание относится к редкому для средней полосы России типу крестовокупольных храмов. Оно имеет высокий цоколь, парадный первый этаж и мезонинную часть, завершённую барабаном с куполом. Стены декорированы спаренными колоннами, поясками и круглыми окнами. Храм имеет два входа: западный — из монастыря для насельниц, и северный — с Соборной площади для духовенства и мирян.