Село Липяги известно с XVII века. В окладных книгах 1676 года упоминается деревянная церковь во имя Рождества Христова. Позже, в 1684 году, в селе уже значатся два храма: шатровая церковь Рождества Христова и теплая церковь Николая Чудотворца. Владельцами села в тот период были помещики, среди которых выделялись представители рода Мельгуновых.
В начале XIX века, после смерти полковника Тимофея Кирилловича Мельгунова, его вдова, Матрона Антиповна, подала прошение на строительство каменной церкви во имя Спаса Нерукотворного с приделами Успенским и Никольским. Строительство велось на средства дочери Матроны, Веры Тимофеевны Мельгуновой. Новый храм был освящен 4 октября 1811 года. В том же году при церкви была открыта церковно-приходская школа для крестьянских детей, что свидетельствует о высоком уровне образования и заботе о духовном воспитании населения.
В конце XIX века в селе Липяги было три храма: Никольский, Ильинский и Рождества Пресвятой Богородицы. Никольская церковь, построенная в 1886 году, была деревянной и имела престол во имя Николая Чудотворца. При ней существовала небольшая приписная кладбищенская церковь во имя святого пророка Илии. В 1891 году в приходе Никольской церкви числилось 216 дворов, в которых проживало 576 мужчин и 652 женщины, из которых 250 мужчин и 70 женщин были грамотными.
В советский период, начиная с 1920-х годов, храмы в Липягах, как и по всей стране, подвергались закрытию и разрушению. Однако местные жители проявили стойкость и решимость в сохранении своей духовной жизни. В 1979 году, несмотря на существующие ограничения, они построили часовню на кладбище, посвященную пророку Илии. Строительство велось тайно, по ночам, и, несмотря на возможные репрессии, часовня была сохранена.
В 1991 году, на основании решения общего собрания колхозников, бывший Дом культуры был передан под церковь. Храм был восстановлен, и в нем вновь стали совершаться регулярные богослужения. В настоящее время церковь находится в хорошем состоянии и продолжает служить духовным центром для жителей села Липяги и окрестных населенных пунктов.
Архитектурно, Никольская церковь представляет собой деревянное здание с характерными для того времени элементами. Прихрамовая территория благоустроена, и в настоящее время продолжаются работы по сохранению и восстановлению исторического облика храма.