Село Ивановское-Шишковых, где расположен храм, в XV веке являлось центром вотчины князя Ивана Дорогобужского, потомка тверских князей. Название села предположительно происходит от имени князя. Первая деревянная церковь на этом месте была построена в конце XV века. В середине XVI века род Дорогобужских по мужской линии пресекся, и село перешло к другим помещикам.
В начале XVII века владельцами села стали помещики Шишковы. Согласно Писцовой книге 1628 года, в селе существовали две деревянные церкви: Иоанна Предтечи и Николая Чудотворца, построенные помещиком Михаилом Фроловым сыном Шишковым. К середине XIX века количество владельцев села увеличилось до трех-четырех, но церкви оставались деревянными.
В 1780 году была построена двухпрестольная деревянная церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи с приделом Николая Чудотворца. Эта церковь сохранялась в хорошем состоянии до начала XX века. В 1877 году началось строительство каменного храма по проекту новоторжского городского архитектора С.А. Гребенщикова. За образец была взята Вознесенская церковь в Торжке. Из-за недостатка средств проект был упрощен - колокольня строилась без верхнего яруса.
Каменный храм был освящен в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи и изначально был теплым, отапливаемым. Над входом находилась закладная доска с датой основания - 29 августа 1877 года. В 1930-х годах храм был закрыт, последний священник репрессирован. Здание использовалось как склад, затем было заброшено. В 1990-х годах началось постепенное возрождение храма силами местных жителей.