Первое упоминание о храме во имя Святой Живоначальной Троицы в станице Должанской относится к 1815 году, когда отставной казачий полковник Галушка на свои средства построил деревянный молитвенный дом. Храм был освящен в честь Животворящей Троицы. Здание располагалось на каменных столбах вместо фундамента, крыто тесом, колокола размещались на деревянных столбах. Со временем строение обветшало и перестало вмещать всех молящихся.
В 1877 году на станичном сходе было принято решение о строительстве нового храма. Церковь возвели в центре станицы, недалеко от места, где позднее построили Свято-Никольский храм. Новый Троицкий храм был деревянным, но уже на каменном фундаменте, с железной крышей. В церкви хранились метрические книги с записями о рождении, бракосочетании и смерти прихожан.
Причт храма в разные годы состоял из выпускников духовных семинарий. С 1877 года священником служил отец Авраамий Кравченко, выпускник Воронежской семинарии. Псаломщиком был Феодосий Тимошенко, прослуживший более 45 лет. В 1884-1885 годах службы правил отец Стефан Дьяковский, которого сменил Иоанн Чёрный, впоследствии ставший благочинным Ейского округа церквей.
В начале XX века при храме действовала церковно-приходская школа. Казаки и местные жители делали пожертвования на церковные нужды. В 1909 году рядом с Троицким храмом был построен молитвенный дом во имя великомученицы Екатерины. В 1934 году советские власти полностью разобрали Свято-Троицкий храм, а его брёвна использовали для колхозных построек. Церковные иконы были сброшены в кучу, а затем использованы для настила пола в конюшне.
В 1997 году на территории разрушенного храма из сторожки был устроен временный молитвенный дом. В 2007 году приход получил благословение на восстановление Свято-Троицкого храма. Проект нового храма разработал архитектор А.С. Тутунов на основе сохранившихся фотографий. Строительство велось с 2009 по 2014 год. 5 января 2014 года храм был освящен епископом Ейским и Тимашевским Германом.
В новом храме находятся святыни, включая икону Божией Матери «Ахтырская», подаренную в 1909 году, а также частицы мощей святителей Тихона Московского, Тихона Задонского, Иоанна Новгородского и других угодников Божиих. Всего в храме пребывает около шестидесяти частиц мощей.