Согласно данным «Ревизской переписи» 1723 года, деревня Нижняя Байгора насчитывала около двадцати семей. В 1780-х годах, после строительства церкви, освящённой во имя Троицы Живоначальной, деревня получила статус села. До 1923 года село входило в состав Крутчинско-Байгорской волости Усманского уезда Тамбовской губернии и имело население около 4000 человек .
Первоначально церковь была деревянной. В 1859 году, на средства прихожан, храм был перестроен, что свидетельствует о значимости церкви для местного населения . В советский период церковь была закрыта и уничтожена.
В настоящее время на месте утраченного храма действует новая церковь, освящённая во имя Троицы Живоначальной. Она расположена по адресу: Воронежская область, Верхнехавский район, село Нижняя Байгора, Весёлая улица, 44А . Современное здание представляет собой одноэтажную постройку с четырёхскатной крышей и небольшой колокольней над входом. Церковь окружена металлической оградой и расположена в центре села, что подчёркивает её значимость для местного сообщества.