Храм Троицы Живоначальной в селе Бургун-Маджары был возведен в конце XIX века, в период активного храмового строительства на Ставрополье. Село Бургун-Маджары, основанное в начале XIX века, являлось одним из населенных пунктов с преобладающим православным населением. Храм строился на средства местной общины и благотворителей, что было характерно для сельских храмов того периода.
Архитектурное решение храма соответствует традициям русской православной церковной архитектуры. Здание выполнено в форме креста, с центральным куполом и колокольней над входом. В декоративном оформлении фасадов использованы элементы классицизма, что было распространено в храмовом зодчестве второй половины XIX века. Внутреннее убранство включало иконостас с иконами, написанными местными мастерами.
В 1930-е годы храм был закрыт, как и многие другие церкви в СССР. Здание использовалось для хозяйственных нужд, что привело к утрате части внутреннего убранства. Богослужения возобновились в 1940-е годы, в период временного смягчения религиозной политики государства. После окончания Великой Отечественной войны храм продолжал функционировать, хотя и с ограничениями, характерными для того времени.
В 1990-е годы, с изменением государственной политики в отношении религиозных организаций, началась реставрация храма. Были восстановлены утраченные элементы декора, обновлен иконостас. Храм остается действующим, сохраняя традиции православного богослужения.