Село Алнаши, ранее известное как Троицкое, было официально основано в 1751 году. Предпосылкой для этого послужило представление Казанской конторы новокрещённых дел от 7 апреля 1750 года о необходимости строительства храма для поселения с населением в 1190 человек, преимущественно удмуртов. Священный Синод дал разрешение на строительство деревянной церкви 3 июня 1751 года, что принято считать датой основания села и прихода. Построенная церковь была освящена 20 марта 1763 года во имя Святой Троицы.
В 1820 году деревянная церковь была разобрана и перевезена в другое село. На её месте началось строительство каменного храма, завершившееся освящением главного престола во имя Святой Троицы 29 июня 1836 года. Архитектурный проект приписывается Семёну Ефимовичу Дудину, губернскому архитектору Вятской губернии.
В период с 1903 по 1905 годы храм был расширен на средства купца Евгения Ивановича Замятина. К основному объёму были пристроены боковые приделы, освящённые в честь святых Евфимия Нового, Хрисанфа и Дарии. Автором проекта расширения был архитектор Иван Александрович Чарушин.
В 1940 году, в период антирелигиозной политики советской власти, храм был закрыт. Купола и колокольня были демонтированы, а здание использовалось под различные хозяйственные нужды: электростанцию, механические мастерские, хлебозавод, продуктовый и хозяйственный магазины.
11 декабря 1990 года было принято решение об освобождении здания бывшей церкви, и 24 января 1991 года оно было передано православному религиозному обществу села Алнаши. После проведения ремонтных и реставрационных работ, включая роспись главного алтаря, 13 июля 2003 года архиепископом Ижевским и Удмуртским Николаем был освящён главный престол в честь Святой Троицы.
