Храм Троицы Живоначальной в поселке Емельяново был заложен 10 октября 1798 года. Первоначально он строился как каменная двухэтажная церковь в стиле сибирского барокко. Нижний Покровский храм был освящен в 1805 году, а верхний, во имя Живоначальной Троицы, завершен в 1810-х годах. Архитектурная композиция храма следует продольно-осевой схеме («корабль») и включает полукруглую алтарную апсиду, храмовую часть, трапезную с основанием колокольни и притвор, пристроенный в 1862–1863 годах.
Храм относится к группе приенисейских церквей, построенных по образцу Захарие-Елизаветинского храма в Тобольске. Иконостас Покровского придела выполнен тобольским резчиком Григорием Бусыгиным. В 1914 году декор фасадов был изменен: фигурный кирпич заменен штукатурными профилированными тягами вокруг оконных и дверных проемов.
В 1930-х годах храм был закрыт. Верхняя часть четверика и колокольня разобраны, сводчатые конструкции утрачены, а здание приспособлено под типографию. В 1996 году храм возвращен Русской Православной Церкви. Богослужения возобновились на первом этаже, где был проведен минимальный ремонт. В начале 2000-х годов в храм вернулась чудотворная икона Святой Троицы, сохраненная местной жительницей в советский период.
В 2020–2021 годах разработан проект реставрации, предусматривающий восстановление первоначального облика храма, включая утраченные элементы декора и объемно-пространственной композиции. Научно-проектная документация получила положительное заключение государственной экспертизы в 2022 году.
