История этого храма охватывает период с конца XIX века до настоящего времени и отражает как духовные устремления местных жителей, так и исторические события, повлиявшие на судьбу религиозных сооружений в России.
Строительство каменного храма в селе Малое Дюрягино было инициировано местными прихожанами, осознававшими необходимость создания постоянного места для богослужений. Закладка храма состоялась 4 октября 1881 года, а освящение завершённого сооружения произошло 28 сентября 1892 года. Храм был построен в традиционном для того времени стиле, с учётом местных архитектурных особенностей и предпочтений прихожан.
После Октябрьской революции 1917 года и установления советской власти, многие религиозные учреждения в стране подверглись закрытию или перепрофилированию. Храм Живоначальной Троицы в Малом Дюрягино не стал исключением. В период антирелигиозной кампании здание храма было закрыто, а его помещения использовались для хранения зерна. Это привело к утрате многих элементов внутреннего убранства и постепенному ухудшению состояния сооружения.
К началу 2000-х годов здание храма находилось в полуразрушенном состоянии. В 2009 году были инициированы восстановительные работы, направленные на реставрацию храма и возвращение ему первоначального облика. Восстановление осуществлялось на средства прихожан и при поддержке местных властей. К 2011 году основные реставрационные работы были завершены, что позволило возобновить богослужения. 7 мая 2011 года состоялось торжественное освящение храма, которое возглавил архиепископ Курганский и Шадринский Константин.
