Первое упоминание о православном храме в селе Кизнер относится к 1764 году, когда была построена деревянная Богоявленская церковь, освященная 12 февраля 1764 года. В 1780 году к ней был пристроен придел во имя Покрова Пресвятой Богородицы, освященный 13 мая 1780 года. Село входило в состав Казанской епархии, а с 1791 года — Вятской епархии.
19 августа 1829 года Вятской духовной консисторией была выдана храмозданная грамота № 3374 на строительство каменного храма взамен обветшавших деревянных церквей. Строительство велось на возвышенном месте. Тёплый двухпрестольный каменный храм был завершён в 1835 году, а холодный храм — в 1858 году. Главный престол холодного храма был освящён во имя Святой Троицы 27 сентября 1858 года. В тёплом храме правый придел освятили в честь Богоявления Господня в 1835 году, а левый — в честь Покрова Пресвятой Богородицы 10 ноября 1841 года.
Приход храма включал 680 дворов с 5540 прихожанами. При церкви действовали шесть школ: земская двухкомплектная в Кизнере, однокомплектная в Старом Трыке, земская двухкомплектная в Ягуле и церковно-приходская в Синярке. Церковно-приходское попечительство открыто в 1870 году. Штат причта состоял из трёх священников, диакона и трёх псаломщиков.
26 ноября 1939 года храм был закрыт согласно указу Президиума Верховного Совета УАССР. В годы Великой Отечественной войны в здании размещалось предприятие Народного комиссариата местной промышленности, известное среди местных жителей как «спичечная фабрика». После пожара, вызванного самовоспламенением селитры, здание постепенно разрушалось. Кирпичная кладка XIX века, выполненная на яичных белках, плохо поддавалась разборке.
Современный Свято-Троицкий храм в посёлке Кизнер построен в 1997-1998 годах на новом месте. Строительство велось на пожертвования верующих. Первая литургия совершена в ноябре 1998 года. Чин великого освящения храма совершён позднее, с установлением престола и вложением частицы мощей святого мученика Владимира.