Храм Троицы Живоначальной в поселке Мишкино Курганской области был сооружен в 1908 году. Строительство велось с 1907 года на средства, собранные местными жителями. За архитектурный образец была взята Воскресенская церковь в городе Шадринске, построенная в 1880 году. Росписью храма занимались живописцы из Шадринска.
Церковь была освящена в честь Святой Троицы накануне соответствующего праздника в 1908 году. Первым священником стал Виталий Шмотин, дьяконом — Николай Грунцевский, переведенный из села Варлаково. В ноябре 1936 года священник Василий Половинкин, член церковного совета Т.С. Пономарева и церковный староста А.П. Анкудинова были арестованы по обвинению в антисоветской и религиозной агитации.
В мае 1937 года на собраниях трудовых коллективов Мишкино было принято решение о закрытии церкви. Здание использовалось как склад отрубей, колокола были отправлены на переплавку, а часть ограды — для перил местной школы. В 1940-1946 годах в бывшем храме располагался зерносклад Госстрахфонда.
В 1947 году здание церкви было возвращено верующим. После ремонта храм был вновь освящен в мае 1947 года священником Михаилом Бирюковым из Шадринска. С 1964 по 1989 год настоятелем служил Василий Гомзиков, похороненный в ограде церкви. С 1989 года проведены работы по восстановлению колокольного звона и ремонту отопления.