Православный приход во имя святого великомученика и целителя Пантелеимона в посёлке Кузедеево был образован в 1942 году и официально зарегистрирован 14 мая 1945 года. Он располагается на месте более раннего храма, история которого восходит к XIX веку. Первая православная церковь в этом регионе, освящённая во имя Иоанна Предтечи, была построена в 1875 году по инициативе священника Василия Вербицкого в селе Аил (ныне часть посёлка Кузедеево). Эта церковь стала преемницей походной церкви Иоанна Предтечи, существовавшей с 1775 года при Кузедеевском казачьем форпосте.
В 1899 году в русском селе Кузедееве был заложен молитвенный дом во имя святого Пантелеимона. Строительство велось на средства прихожан, при поддержке Алтайской духовной миссии и пожертвований княгини Марии Адлерберг из Санкт-Петербурга. Первые богослужения в новом храме упоминаются в 1906–1907 годах, хотя, вероятно, начались раньше. В 1919 году как Предтеченская церковь, так и Пантелеимоновский молитвенный дом были уничтожены в ходе антирелигиозных действий.
После восстановления прихода в 1945 году на месте прежнего молитвенного дома в 1950-х годах был построен деревянный храм. В 1977–1980 годах, под видом ремонта, настоятелем была возведена новая каменная церковь, сохранившаяся до настоящего времени. Строительство велось при участии прихожан и с материальной поддержкой благочинного Новокузнецкого округа.
История прихода тесно связана с миссионерской деятельностью в Горной Шории. В XIX веке здесь активно работала Алтайская духовная миссия, а священник Василий Вербицкий внёс значительный вклад в христианизацию местного шорского населения. Он также составил один из первых словарей алтайского языка и организовал школу для детей коренных народов.