Храм святого мученика Вонифатия в Геленджике был основан в 2019 году. Строительство велось на пересечении улиц Курзальной и Ульяновской, вблизи исторического здания, известного среди местных жителей как «Дом быта». Церковь возведена из быстровозводимых конструкций с шатровым завершением, что характерно для современных православных храмов России.
25 июня 2019 года состоялось освящение надкупольного креста и купола строящегося храма. Чин освящения совершили представители Геленджикского благочиния. 1 сентября того же года, в Неделю 11-ю по Пятидесятнице, была отслужена первая Божественная литургия. Богослужение возглавил архиерей Новороссийской и Геленджикской епархии.
Храм освящен в честь святого мученика Вонифатия Тарсийского, пострадавшего за веру во времена императора Диоклетиана (284–305 гг.). Согласно житию, Вонифатий, ранее ведший греховную жизнь, обратился ко Христу, увидев страдания христианских мучеников в Киликии. Приняв мученическую кончину, он был прославлен как святой, а его мощи стали источником чудес.
Архитектурное решение храма включает элементы традиционного русского зодчества, адаптированные к современным строительным технологиям. Приход был официально зарегистрирован в том же году и вошел в состав Новороссийской епархии Русской Православной Церкви (Московский Патриархат).
С момента основания храм функционирует как действующий, регулярно совершаются богослужения согласно церковному уставу. При храме ведется приходская деятельность, включающая катехизацию и социальное служение. Исторические сведения о храме фиксируются в церковных документах и на официальном приходском сайте.