Храм святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова в станице Каладжинской был основан вскоре после учреждения самой станицы. Каладжинская станица была заложена 9 октября 1861 года у слияния рек Большой и Малой Лабы, неподалеку от Каладжинского укрепления, существовавшего с 1853 года. Первая деревянная церковь во имя святого апостола Иоанна Богослова была освящена в день основания станицы.
В марте 1863 года настоятелем храма был назначен священник Митрофан Автономович Успенский, прибывший из Владимирской губернии. С 1863 по 1888 год он исполнял обязанности законоучителя в местной станичной школе безвозмездно. В 1875-1881 годах под его руководством был построен новый деревянный храм, заменивший первоначальную церковь. В 1882 году по инициативе отца Митрофана началось строительство кладбищенской церкви в память мученической кончины императора Александра II.
В 1888 году священник Митрофан Успенский был переведен в Майкопский Александро-Невский собор с возведением в сан протоиерея. После смерти супруги в 1892 году он вернулся в Каладжинскую и вновь служил в Иоанно-Богословском храме до своей кончины в 1897 году. Погребен в ограде храма.
В период революционных событий и гражданской войны храм продолжал функционировать. В 1919 году в Екатеринодаре скончался от тифа уроженец станицы, сын первого священника, генерал-майор Николай Митрофанович Успенский, последний выборный атаман Кубанского казачьего войска.
В советский период храм, как и большинство церквей России, был закрыт. Точная дата закрытия и дальнейшая судьба здания в архивных документах не отражена. Восстановление церковной жизни в станице Каладжинской началось в постсоветский период. Современный храм святого апостола Иоанна Богослова был возрожден на историческом месте.
В декабре 2015 года на стене храма была установлена памятная доска генерал-майору Н.М. Успенскому. В 2022 году освящена мемориальная плита протоиерею Митрофану Успенскому. Храм сохраняет историческую преемственность с первым станичным храмом, продолжая традиции православного богослужения и духовного окормления жителей станицы.