Первое упоминание о деревянной церкви в селе Покровском датируется 1613 годом. Впоследствии храм неоднократно перестраивался: в 1614, 1676 и 1721 годах. В 1721 году началось возведение каменного храма с приделом святых апостолов Петра и Павла. Строительство продолжалось, и к 1766 году был освящен главный престол во имя святителя Николая Чудотворца, а также южный придел святых апостолов Петра и Павла. В 1824 году был освящен северный придел во имя Покрова Пресвятой Богородицы.
В XIX веке храм претерпел значительные изменения. В 1890–1892 годах, по проекту архитектора П. П. Зыкова, было возведено современное здание трехпрестольного храма. Главный престол был освящен в честь святителя Николая Мирликийского, боковые приделы — во имя Покрова Пресвятой Богородицы и святых первоверховных апостолов Петра и Павла.
В 1931 году храм был закрыт, а его здание переоборудовано под хлебозавод. В результате этих преобразований были утрачены многие элементы внутреннего убранства и архитектурные детали. В 1984 году производство было прекращено из-за аварийного состояния здания.
В 1992 году полуразрушенный храм был возвращен Русской Православной Церкви. С этого времени начались восстановительные работы, направленные на возвращение храму его исторического облика и возобновление богослужений. В 1995 году в храме состоялись первые после долгого перерыва богослужения.
В октябре 2020 года на территории храма был установлен бюст великого русского полководца Александра Васильевича Суворова, который в период с 1740 по 1768 год был прихожанином Никольского храма, когда его семья проживала в этом районе.
