Первое упоминание о храме на Сойкинском полуострове относится к 1576 году, когда здесь существовала деревянная церковь, служившая духовным центром для местного населения — води и ижоры. В период шведского владычества (1617–1721) храм пришёл в упадок, а в 1726 году на его месте была возведена новая деревянная церковь, неоднократно перестраивавшаяся в XVIII веке.
Каменный храм во имя святителя Николая Чудотворца был заложен в 1872 году и освящён в 1883 году. Проект выполнен архитектором Иваном Булановым. Храм имел три престола: главный — в честь Николая Чудотворца, правый — святых апостолов Петра и Павла, левый — пророка Илии. Здание было выстроено в эклектичном стиле с элементами русского стиля, с гранитным цоколем и шестью изразцовыми печами для отопления.
В 1938 году храм был закрыт в связи с созданием военно-морской базы «Ручьи». В период немецкой оккупации (1942–1944) богослужения временно возобновились. После войны здание оказалось заброшенным, а село Сойкино прекратило существование. В 1995 году храм передан православной общине посёлка Вистино, в 2006 году совершено его повторное освящение.
С 2010 года храм является скитом Свято-Троицкой Александро-Невской лавры. Включён в проект «Серебряное кольцо России». Сохранились документальные свидетельства о приходской жизни XVIII–XIX веков, включая метрические книги с 1756 года и архивные дела о земельных наделах духовенства.