Храм священномученика Ермогена в Ташкенте ведет свою историю с конца XIX века. Первоначально на этом месте в селе Никольском Ташкентского уезда Ниязбекской волости в 1890 году был построен храм во имя святителя Николая Чудотворца. Средства на строительство предоставил коммерсант Николай Иванов. Храм служил духовным центром для местных жителей, преимущественно оренбургских казаков, поселившихся в этом районе.
В 1930-е годы, в период антирелигиозных гонений, Никольский храм был разрушен. После Великой Отечественной войны, в 1948 году, на этом месте был открыт молитвенный дом, который просуществовал лишь два года и был снесен. В 1954 году священник Сергий Никитин приобрел три жилых дома на этой территории, которые были перестроены под храм. Официальное разрешение на освящение храма было получено в 1956 году.
29 декабря 1956 года храм был освящен архиепископом Ермогеном (Голубевым) в честь священномученика Ермогена, Патриарха Московского и всея Руси. В храме сохранились некоторые исторические святыни, включая Царские Врата, переданные из Свято-Успенского кафедрального собора, и старинную икону святителя Николая Мирликийского афонского письма 1899 года.
В советский период храм неоднократно достраивался и перестраивался. Первоначально здание не имело купола, который был возведен позднее, в конце 1950-х годов. В конце XX — начале XXI века на территории храма была построена крестильная церковь, выполненная в архитектурном стиле, напоминающем Ноев ковчег.
Храм является частью Ташкентской и Узбекистанской епархии Среднеазиатского митрополичьего округа Русской православной церкви. Богослужения проводятся регулярно, храм остается действующим и продолжает благоустраиваться.