Храм святителя Николая Чудотворца на Коломяжском проспекте был построен в 2004–2006 годах в историческом районе Новая Деревня, расположенном на правом берегу Большой Невки. Район Коломяги, через который проходит Коломяжский проспект, в допетровские времена был финским поселением. Название местности, по одной из версий, происходит от финских слов «коло» (углубление, пещерка) и «мяки» (горка, холм), что отражает особенности рельефа. В XVIII веке земли вокруг Петербурга раздавались приближенным императора, и село Коломяги перешло во владение генерал-адмирала А.И. Остермана, а затем канцлера А.П. Бестужева-Рюмина. Крепостные крестьяне, переселенные сюда из других владений, постепенно сделали финское село русским.
Инициатива строительства храма принадлежала группе верующих при поддержке ЗАО «Приморское объединение», которое выделило землю под застройку. Храм был возведен в новгородском стиле по проекту архитектора Романа Муравьева. Прообразами для него послужили церковь Николы на Липне (XIII век) и храм Петра и Павла в Кожевниках (XV век). Строительство велось на добровольные пожертвования, администрация Приморского района содействовала оформлению документов. Первая служба состоялась 4 января 2006 года на антиминсе, освященном митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским Владимиром.
Росписи храма выполнены в византийской традиции с элементами палеологовского стиля. Основой для купольной композиции «Спас в силах» стали византийские мозаики. Иконостас включает образы Господа Вседержителя, Богородицы и четырех евангелистов. Часть икон была передана Санкт-Петербургским управлением по сохранению культурных ценностей, их происхождение относится к XIX веку. Хоругви изготовлены монахинями Ново-Тихвинского монастыря в Екатеринбурге.
Храм расположен в ста метрах от места дуэли А.С. Пушкина с Дантесом, что привлекает посетителей, интересующихся историей. В 2017 году состоялось архиерейское освящение храма. При храме действуют воскресная школа для детей, лекторий для взрослых и молодежная группа. Богослужения совершаются ежедневно, храм открыт с 9:00 до 18:00.