Храм святителя Николая Чудотворца в Токио был основан как подворье Русской Православной Церкви Московского Патриархата в Японии. Его история связана с периодом размежевания японской православной паствы между 1947 и 1970 годами, когда часть верующих осталась в юрисдикции Московского Патриархата. В 1940 году, после принятия в Японии «Закона о религиозных организациях», запрещавшего иностранцам возглавлять религиозные организации, митрополит Сергий (Тихомиров) был смещен с поста предстоятеля Японской Православной Церкви.
В 1946 году Японская Консистория приняла решение о воссоединении с Московским Патриархатом, но из-за вмешательства оккупационных властв епископы, направленные из России, не смогли прибыть в Японию. В 1947 году большинство приходов перешло под юрисдикцию «Американской Митрополии», однако небольшая группа верующих сохранила верность Московскому Патриархату. В 1957 году Священный Синод Русской Православной Церкви официально оформил благочиние Московского Патриархата в Японии.
В 1970 году, после примирения между группами православных в Японии и образования Японской Автономной Православной Церкви, подворье Московского Патриархата было преобразовано в представительство Русской Православной Церкви. В 1979 году подворье получило официальную регистрацию как религиозное юридическое лицо в Японии. В 2008 году на подаренном участке земли в токийском районе Мэгуро был возведен постоянный храм в честь святого благоверного князя Александра Невского.
Храм святителя Николая Чудотворца выполняет функции духовного окормления русскоязычных верующих в Японии, а также служит центром взаимодействия между Русской Православной Церковью и другими религиозными организациями Японии. Богослужения совершаются на церковнославянском и японском языках.