Храм святителя Николая Чудотворца в Амстердаме был основан в 1974 году группой православных верующих из СССР, Сербии и Нидерландов. Первоначально община собиралась на чердаке католического собора Святого Николая (Sint Nicolaaskerk), расположенного напротив центрального железнодорожного вокзала Амстердама. Впоследствии приход переехал в часовню на улице Utrechtsedwarsstraat, где находился в течение пятнадцати лет.
В 1995 году община приобрела собственное здание — церковь «Эммануил» на улице Kerkstraat. Рост числа прихожан, особенно после распада СССР в 1991 году, привел к необходимости поиска более просторного помещения. В 2005 году приход переехал в здание Тихелкерк (Tichelkerk), ранее принадлежавшее католическому Ордену Меньших Братьев Капуцинов. Этот храм, построенный в 1912 году, был адаптирован для православного богослужения.
В 2010 году в храме был установлен каменный иконостас, а также создан баптистерий с мозаичным украшением. В 2022 году приход перешел из юрисдикции Московского Патриархата в состав Бельгийской архиепископии Вселенского Патриархата. Богослужебная практика при этом сохранилась без изменений.
Храм расположен в историческом районе Иордан и является частью бывшего монастырского комплекса. Архитектура здания сочетает элементы неороманского стиля с традиционными православными интерьерными решениями. Приход поддерживает связи с другими христианскими общинами Амстердама и участвует в деятельности Совета церквей города.