Храм святителя Митрофана Воронежского был построен на Митрофаньевском кладбище Санкт-Петербурга в 1839–1847 годах по проекту архитектора Константина Тона. Кладбище было основано в 1831 году во время эпидемии холеры и первоначально называлось Тентелевским. В 1835 году на его территории была возведена временная деревянная церковь, перенесенная сюда из Измайловского полка и освященная во имя святителя Митрофана Воронежского. Средства на строительство собирались мещанкой Февронией Комарской, похоронившей здесь родных.
Каменный храм заложили в 1839 году. Первоначально планировалось повторить архитектуру Митрофаньевского собора в Воронеже, но из-за недостатка средств использовали проект церкви в Свеаборге. Во время строительства в 1842 году произошло обрушение куполов, после чего работы продолжили под руководством архитекторов Антонио Адамини и Франческо Руска. Храм был освящен в 1847 году епископом Ревельским Нафанаилом.
Церковь имела три престола: главный — во имя святителя Митрофана Воронежского, а также приделы в честь московских святителей и иконы Божией Матери «Неопалимая Купина». В подвальном этаже располагались склепы для захоронений представителей купеческих семей и известных горожан, включая историка Николая Шильдера. Иконостас и росписи созданы по эскизам академика Фёдора Солнцева, иконы написаны художниками Петром Шамшиным, Козрое Дузи и другими.
В 1929 году храм был закрыт и разрушен. В 2010 году на территории бывшего кладбища возведена временная часовня. В настоящее время ведутся работы по восстановлению исторического храма.
