Храм святителя Мартина Исповедника и преподобной Женевьевы Парижской был основан при Русской православной духовной семинарии в Эпине-су-Сенар, пригороде Парижа. Решение о создании семинарии было принято Священным Синодом Московского Патриархата в апреле 2008 года. Основной целью учреждения семинарии стало предоставление будущим церковнослужителям возможности получения образования в ином культурном и религиозном контексте.
Здание, в котором располагается домовый храм, изначально принадлежало Сестрам-помощницам, использовавшим помещение для богослужений с середины XX века. После передачи здания Корсунской епархии начались работы по переоборудованию храма. Основные работы проводились в 2011–2012 годах. Алтарь был расписан группой иконописцев под руководством Эмилии ван Таак, а двухъярусный иконостас изготовлен московской мастерской «Никопея». Фрески основного объема храма и притвора выполнены иконописцами Московской духовной академии.
14 ноября 2012 года состоялось великое освящение храма, которое возглавил архиепископ Егорьевский Марк. Освящение приурочили к третьей годовщине открытия семинарии. С тех пор храм служит местом ежедневных богослужений для учащихся и преподавателей семинарии.
Святитель Мартин Исповедник, папа Римский, жил в VII веке и почитается как в православной, так и в католической традициях. Преподобная Женевьева Парижская, жившая в V веке, является покровительницей Парижа. Совместное посвящение храма этим святым отражает историческую связь между восточной и западной христианскими традициями.