Село Иннокентьевка было основано в 1858 году казаками, прибывшими на берега Амура. В числе первых построек казачьей станицы была возведена деревянная церковь. В советский период храм подвергся разорению: в его здании размещались машинно-тракторная станция и технические мастерские. По свидетельствам, главные ворота храма позволяли свободно проезжать комбайну, что указывает на значительные размеры сооружения. Впоследствии здание было полностью разобрано, а на его месте построены клуб и здание сельсовета.
В 1997 году по благословению архиепископа Благовещенского и Тындинского Гавриила в селе был основан приход в честь святителя Иннокентия Московского. На пограничной заставе и месте предполагаемого строительства нового храма были установлены и освящены два креста. Приход был зарегистрирован в том же году, что ознаменовало начало возрождения церковной жизни в селе.
Исторически святитель Иннокентий (Вениаминов) сыграл значительную роль в освоении Дальнего Востока. Будучи архиепископом Камчатской епархии, а впоследствии митрополитом Московским, он занимался миссионерской деятельностью среди коренных народов региона. Его труды по языкознанию и переводу богослужебных текстов на местные языки способствовали распространению православия в этих землях.
Название села Иннокентьевка непосредственно связано с именем святителя, что подчеркивает его влияние на историю данного региона. В дореволюционный период храм в селе выполнял не только религиозные, но и социальные функции, являясь центром общественной жизни казачьей станицы.