Храм святителя Иннокентия Московского в Северо-Курильске был основан в 1997 году как православный приход при содействии благочинного Северного округа Южно-Сахалинской епархии. Инициатива создания храма связана с необходимостью духовного окормления жителей отдаленного региона. Приходской деревянный храм был построен в 2003–2005 годах.
Храм возведен в память о погибших в авиационной катастрофе 20 августа 2003 года, когда в районе вулкана Опала на Камчатке потерпел крушение вертолет Ми-8. Среди погибших были сахалинские чиновники, включая губернатора Игоря Фархутдинова, а также члены экипажа. Строительство храма стало актом поминовения и духовного утешения для жителей Северо-Курильска.
В июне 2005 года на купола храма были водружены кресты, что завершило основной этап строительства. Храм освящен в честь святителя Иннокентия Московского, просветителя народов Сибири и Дальнего Востока, что подчеркивает его миссионерскую направленность в регионе.
Приход ведет богослужебную и просветительскую деятельность, сохраняя память о трагических событиях 2003 года. Храм расположен при въезде в город, что делает его заметным духовным центром для местных жителей и гостей Северо-Курильска.