Храм святой равноапостольной Марии Магдалины в Апраксином дворе Санкт-Петербурга ведет историю с 2004 года, когда была организована часовня в честь преподобного Серафима Вырицкого. Часовня стала первым этапом создания храмового комплекса. В начале XX века на территории Апраксина двора располагалось торговое предприятие, связанное с преподобным Серафимом Вырицким, который проживал в Апраксином переулке, 20.
Современный храм является приписным к строящемуся храму святой равноапостольной Марии Магдалины в Апраксином дворе. В часовне находится икона преподобного Серафима Вырицкого с частицей камня, на котором святой совершал молитвы во время Великой Отечественной войны, а также с песком с его могилы. Богослужения совершаются два раза в месяц, включая Божественную Литургию.
Приход ведет духовно-просветительскую деятельность, включая катехизаторские беседы, социальное служение и работу воскресной школы. Архитектурный ансамбль часовни выполнен в традициях петербургской церковной архитектуры. Исторически территория Апраксина двора связана с торговой деятельностью Санкт-Петербурга, а создание храмового комплекса продолжает традицию наличия православных храмов при торговых рядах.