Первая деревянная церковь во имя святителя Иннокентия Иркутского в селе Перовском (ныне Партизанское) была построена в 1867 году. Приход был учрежден 18 августа 1857 года, выделившись из Рыбинского прихода. В состав прихода входили деревни Нойская, Верхне-Рыбинская и Иннокетьевская. Храм являлся единственным культовым сооружением на территории прихода, имел один престол и три часовни в окрестных деревнях.
В конце 1930-х годов, в период антирелигиозных кампаний, храм был закрыт для богослужений, а впоследствии полностью разрушен. Точная дата разрушения не установлена, но процесс ликвидации культовых сооружений в регионе происходил преимущественно в середине XX века.
В конце 1990-х годов в селе Партизанском была воссоздана православная община. В 2005 году начались работы по строительству нового деревянного храма. Осенью 2005 года состоялся чин освящения места строительства и установки поклонного креста. Строительные работы начались 10 июля 2006 года.
Первый богослужебный чин в строящемся храме состоялся 9 декабря 2008 года. Регулярные богослужения начались с 2009 года. Архитектурное решение нового храма включает шатровый купол, алтарную часть, перекрытую бочкой, и небольшую трапезную. Храм сохраняет традиции деревянного зодчества, характерные для сибирского церковного строительства XIX века.