В 1998 году в Новоаганске была образована православная община, что стало ответом на потребность местных жителей в духовном окормлении. В том же году началось строительство храма, завершившееся в 2000 году. По благословению архиепископа Димитрия, храм был назван в честь священномученика Гермогена и всех новомучеников и исповедников Российских. Первая Божественная литургия в новом храме была совершена 2 января 2001 года.
Архитектурно храм представляет собой небольшое деревянное здание, выполненное в традиционном русском стиле. В 2002 году при храме была открыта воскресная школа для детей и взрослых, которую ежегодно посещают 40–50 человек.